福爾馬林固定的組織有可能破壞了原來組織的抗原結構，蛋白多肽發生交聯，導致部分抗原表位封閉，結合位點減少，所以需要抗原修復，以暴露原來的抗原表位，達到充分顯露抗原，以不出現明顯脫片現象為佳。
抗原修復常用以下幾種方法：
1. 高壓熱修復：在沸水中加入EDTA(pH8.0)或0.01M枸櫞酸鈉緩沖溶液（pH6.0），蓋上不銹鋼鍋蓋，但不能鎖定。將玻片置于金屬染色架上，緩慢加壓，使玻片在緩沖液中浸泡5min，然后將蓋子鎖定，小閥門將會升起來。10min后除去熱源，置入涼水中，當小閥門沉下去后打開蓋子。此方法適用于較難檢測或核抗原的抗原修復。（骨及軟骨組織的標本最好選擇較溫和的微波加熱修復）
2. 沸熱修復： 電爐或水浴鍋加熱0.01M枸櫞酸鈉緩沖液（pH6.0）至95℃左右，放入組織切片加熱10-15min。
3. 微波爐加熱：在微波爐里加熱0.01M枸櫞酸鈉緩沖液（pH6.0）至沸騰后將組織芯片放入，斷電，間隔5-10min，反復1-2次。根據情況可參考采用微波加熱“3-5-3法”3分鐘溫火沸騰后靜止5min，再溫火沸騰3min即可。
4. 酶消化方法：常用0.1%胰蛋白酶和0.4%胃蛋白酶液。胰蛋白酶使用前預熱至37℃，消化時間約為5-30min。