識別區域的選擇原則一般說來最理想的抗原性識別區域應具備親水、位于蛋白表面和結構上易變形性等特點。既要考慮其免疫原性、特異性，還需考慮其合成難度等。通常有以下幾點建議：
1、序列長度在8-20個氨基酸殘基之間（如果太短，就有多肽太特殊、所產生的抗體與天然蛋白之間的親和力（結合能力）不夠強的風險，同樣，如果序列長度超過20，將有可能引入二級結構，所產生的抗體失去特異性的可能，而且肽鏈越長，通常合成難度增大，不易獲得高純度的產品）；
2、盡可能是在蛋白表面；
3、保證該段序列不形成α-helix；
4、N，C端的肽段比中間的肽段更好；避免蛋白內部重復或接近重復段的序列；
5、避免同源性太強的肽段；
6、交聯可以交聯在N，C兩端，選擇依據就是交聯在對產生抗體不太重要的一端；
7、序列中不能有太多的Pro，但有一兩個Pro有好處，可以使肽鏈結構相對穩定一些，對產生特異性抗體有益。