如果氨基酸序列已知，但是由于基因克隆或表達等原因得不到抗原蛋白，或者僅需要得到針對抗原蛋白某幾個特定表位的抗體，就可以采用多肽合成的方式得到抗原。
例如僅需要生產針對蛋白質某個區域的特異抗體，比如研究蛋白質N端的前體物，可以設計N末端的多肽抗原。
如果抗體的使用目的是識別修飾的氨基酸，如磷酸化的絲氨酸、蘇氨酸或者酪氨酸，乙酰化賴氨酸等，就必須對多肽進行相應的修飾。
一般情況下抗血清能夠識別用來免疫的多肽序列，但是不一定識別天然蛋白質的折疊結構。非連續性抗原的抗體能否識別抗原決定簇取決于用于抗體生產的多肽是否存在二級結構。